SARS-CoV-2'ye Karşı Savaşta Veri Kahramanları: Açık Kaynak Topluluğu Salgına Nasıl Yanıt Verdi?

Yeni koronavirüs salgını, teknoloji topluluğundan benzeri görülmemiş bir tepkiye yol açtı.

COVID-19 ile ilgili açık kaynaklı projeler, yalnızca hayati bilgilerin dünyaya yayılmasına yardımcı olmakla kalmayıp aynı zamanda devam eden klinik araştırmalara da katkıda bulunmak amacıyla dünyanın her yerinden ortaya çıkıyor.

GISAID

GISAID (Alman Hükümeti liderliğindeki bir girişim) adı verilen bu veri kahramanlarından biri, SARS-CoV-2 genomik verilerini barındırıyor. Başka bir deyişle, yeni virüsün genomu, yeni çözümlerin ortaya çıkacağı umuduyla herkesin indirmesi ve araştırması için artık açık kaynaktır.

Dünyanın herhangi bir yerinden herhangi bir araştırmacı, virüsle ilgili genomik verileri bu platformdan yayınlayabilir veya indirebilir. Bu bilgiyi çevrimiçi olarak erişilebilir kılmak ve dünyanın her yerinden yeni verilerin eklenmesine izin vermek, virüsün nasıl yayıldığı ve mutasyona uğradığı hakkında önemli bilgiler sağlar.

sonraki tür

Nextstrain, yeni koronavirüs de dahil olmak üzere virüslerin ve bakterilerin evriminde "epidemiyolojik anlayışa yardımcı olmak ve salgın yanıtını iyileştirmek" için kamuya açık verileri kullanan açık kaynaklı bir projedir. Proje yakın zamanda GISAID platformunda paylaşılan verileri, genetik verilere dayalı COVID-19 vakalarını bağlamak için kullandı.

GitHub

Koronavirüs ile ilgili projelerin günlük olarak paylaşıldığı bir diğer platform ise Github.

Bu makaleyi yazarken, öncülük eden projelerden bazıları şunlardır:

1. COVID-19 – 2019 Yeni Koronavirüs COVID-19 (2019-nCoV) Veri Havuzu

Bu veri havuzu, yeni projeleri desteklemek için oluşturulmuştur ve Johns Hopkins Üniversitesi Sistem Bilimi ve Mühendisliği Merkezi (JHU CSSE) tarafından yönetilmektedir.

COVID-19 için zaman serisi verileri sağlar ve veriler, aşağıdakiler gibi uluslararası ve ulusal sağlık kuruluşları dahil olmak üzere birden fazla güvenilir kaynaktan toplanır:

Dünya Sağlık Örgütü (WHO), DXY.cn, BNO News, Çin Halk Cumhuriyeti Ulusal Sağlık Komisyonu (NHC), Çin CDC (CCDC), Hong Kong Sağlık Bakanlığı, Makao Hükümeti, Tayvan CDC, US CDC, Hükümet Kanada, Avustralya Hükümeti Sağlık Bakanlığı, Avrupa Hastalık Önleme ve Kontrol Merkezi (ECDC), Singapur Sağlık Bakanlığı (MOH), İtalya Sağlık Bakanlığı, 1Point3Arces ve WorldoMeters.

Bu proje, koronavirüse karşı “savaşta” faydalı olan hayati bilgileri yayan diğer birçok şaşırtıcı proje (aşağıdakiler dahil) tarafından kullanılan veri kümeleri sağlar.

2. CHIME – Salgınlar için COVID-19 Hastane Etki Modeli

Predictive Healthcare @ Penn Medicine tarafından geliştirilen CHIME uygulaması, COVID pandemisi sırasında bulaşmayı simüle eder. Hastanelerin ve sağlık departmanlarının kapasitelerini ve kaynaklarını planlamalarına ve düzenlemelerine izin vermek için günlük hastanede yatan hasta sayısı, yoğun bakım ünitesine kabuller, ventilasyona ihtiyaç duyan hastalar gibi verileri kullanır.

3. COVID-19'u açın

Bu proje Johns Hopkins veri setinden esinlenmiştir ve virüsün dünya çapında yayılmasıyla ilgili geçmiş verileri içermektedir. Dünyada en çok etkilenen bölgeleri vurgulayarak haritalar ve çizelgeler oluşturmak için kullanılır.

4. COVID-19 Senaryoları

Basel Üniversitesi (Basel, İsviçre) Biozentrum'da Richard Neher'in araştırma grubu tarafından başlatılan bu proje, salgın projeksiyonları oluşturmaya yardımcı olur. Penn Medicine'in projesine benzer şekilde, COVID-19 projeksiyonları, salgının tıbbi sistem üzerindeki yükünü ölçmek ve hafifletme çözümleri önermek için bir modelleme tekniği olan SIR (Duyarlı, Enfekte, İyileşmiş) modelini kullanır. Bu proje, COVID-19 vakalarının olası evrim seyrini belirlemek için popülasyon, epidemiyolojik ve klinik parametreleri kullanır.

5. korona-kli

GitHub'da COVID-19 verilerini tablo biçiminde, doğrudan komut satırında sağlayan ve rafine sorgulara izin veren bir başka büyük girişim.

6. Bilgisayarla Görme ve Derin Öğrenmeyi kullanan COVID-19 dedektörü

Hâlâ başlangıcında olan bu proje, göğüs röntgenlerinde COVID-19'un teşhis edilmesine yardımcı olmayı amaçlamaktadır. AI modeli, açık kaynak AI ve tıp camiasından büyük bir uzman grubunun yardımıyla hala geliştirilmektedir.

Proje, aşağıdakileri amaçlayan bir uygulama içeriyor:

1. Alarm işaretlerini algıla
2. Düşük riskli hastaları sağlıkla ilgili güvenilir bilgilerin bulunduğu sitelere yönlendirerek sağlık sisteminin yükünü hafifletin ve yüksek riskli hastaları en yakın sağlık kuruluşuna yönlendirin.
3. Gerçek zamanlı bilgi üreteçleri olarak hizmet edin.
4. Sağlık yetkilileriyle yakın ilişkiler kurun ve faydalı epidemiyolojik bilgiler oluşturun.

7. Donanım Projesi – CITI – OpenLung

“Açık kaynak, düşük maliyetli, düşük kaynak, hızlı dağıtımlı mekanik ventilatör tasarımı ve Ambu-bag'i temel bileşen olarak kullanan” öneren başka bir proje halen geliştirilme aşamasındadır.

Projenin arkasındaki ekip, DIY ventilatörleri oluşturmak için gerekli malzemeleri ve adımları yayınladı. Projenin amacı, tıp uzmanları tarafından kullanılmak üzere erişilebilir ve güvenli bir ventilatör geliştirmeye yardımcı olmaktır.

Fikir, herkesin OpenLung projesinden planları indirebilmesi ve bir ventilatör inşa edebilmesidir. Yine de bir tane oluşturmaya başlamadan önce, bu projenin hala devam ettiğini ve bu donanımın güvenliğinin hala test edilmesi gerektiğini bilin!

Teknolojiye Büyük Katkıda Bulunanlar

Büyük teknoloji de virüsle mücadelede oldukça aktif. Elon Musk ve Tesla kısa süre önce Washington'daki UW Medicine'e 50.000 N95 maskesi ve PAPR kaskı bağışladı.

Tesla ayrıca kısa süre önce solunum cihazları ve maske malzemeleri inşa etmek için GM'ye katılma planlarını duyurdu.

Google'ın DeepMind AI, özellikle AlphaFold sistemi, COVID-19 protein yapılarını incelemek ve umarım virüsün yayılmasını azaltmak için konuşlandırıldı.

WhatsApp, uygulamayı iletişim kurmak için kullanan sağlık uzmanlarına, eğitimcilere, yerel işletmelere, kâr amacı gütmeyen kuruluşlara ve yerel yönetimlere rehberlik sağlamak için DSÖ, UNICEF ve UNDP ile işbirliği içinde bir Coronavirus Bilgi Merkezi'nin başlatıldığını duyurdu.

Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı'ndan (UNDP) Achim Steiner, “Dünyanın dört bir yanındaki yerel topluluklara COVID-19 hakkında güncel bilgiler sağlamak, uluslararası toplumun virüsün yayılmasını önleme çabalarının kritik bir parçasıdır. (…) WhatsApp gibi özel sektör şirketleriyle ortaklıklar, bu hayati, gerçek zamanlı bilgilerin Dünya Sağlık Örgütü ve yerel sağlık yetkililerinden dünya çapında milyarlarca kullanıcıya ulaşmasına yardımcı olacak.”

Tüm Bu Projeler Neden Önemli?

Yukarıdaki liste ayrıntılı değildir. Her gün daha şaşırtıcı açık kaynak projeleri hayat buluyor. Dünyanın her yerinden insanlar tek bir ortak “düşmana” karşı savaşmak için bir araya geliyor. Bu şeffaflık ve işbirliği, tanık olmak için güzel bir şey ve insanlık tarihinde gerçekten eşi görülmemiş bir şey!

Tıp camiası için bu açık kaynak projeleri, bilim insanlarının dünyanın her yerinden hastalardan alınan genetik örnekleri hızla analiz edebilecekleri anlamına geliyor. Verilerin yaygın olarak paylaşılması, tıp camiasının virüsü anlamak için her zamankinden daha hızlı hareket etmesine ve onu kontrol altına almak ve sonunda onu iyileştirmek için çözümler getirmesine olanak tanıyor.

Genel nüfus için bu projeler, saygın kaynaklardan gelen verilere dayandıkları için bir rahatlık kaynağı olabilir. Haberleri yorumlamak ve sonuca varmak için acele etmeyin. Bunun yerine, bu girişimlerin olumlu yönlerini ortadan kaldırın. Pek çok isimsiz Veri Kahramanı sayesinde, araştırmacılar her zamankinden daha hızlı hareket ediyor, geri kalanımız daha iyi bilgilendirilmiş ve atılımlar hemen köşede. Umut yaşıyor!

COVID-19 krizini ele alan anlamlı bir projenin parçası olmak ister misiniz? Yukarıdaki projelerden herhangi birine göz atın veya COVID-19 krizine yardımcı olmak isteyen projeler ve gönüllüler için bir takas odası olan COVID 19 ile Yardım Edin.