Data Heroes ในสงครามต่อต้าน SARS-CoV-2: ชุมชนโอเพ่นซอร์สตอบสนองต่อการระบาดอย่างไร

การระบาดของไวรัสโคโรน่าสายพันธุ์ใหม่ได้จุดประกายการตอบสนองอย่างไม่เคยปรากฏมาก่อนจากชุมชนเทคโนโลยี

โครงการโอเพ่นซอร์สที่เกี่ยวข้องกับโควิด-19 ได้เกิดขึ้นจากทั่วทุกมุมโลก ไม่เพียงแต่ช่วยเผยแพร่ข้อมูลที่สำคัญไปทั่วโลก แต่ยังมีส่วนช่วยในการวิจัยทางคลินิกอย่างต่อเนื่อง

GISAID

หนึ่งในฮีโร่ด้านข้อมูลเหล่านี้เรียกว่า GISAID (ความคิดริเริ่มที่นำโดยรัฐบาลเยอรมัน) กำลังโฮสต์ข้อมูลจีโนมของ SARS-CoV-2 กล่าวอีกนัยหนึ่ง จีโนมของไวรัสนวนิยายตอนนี้เป็นโอเพ่นซอร์สสำหรับทุกคนในการดาวน์โหลดและค้นคว้าด้วยความหวังว่าจะนำเสนอโซลูชั่นใหม่ ๆ

นักวิจัยจากทุกที่ในโลกสามารถโพสต์หรือดาวน์โหลดข้อมูลจีโนมเกี่ยวกับไวรัสจากแพลตฟอร์มนี้ได้ การทำให้ข้อมูลนี้พร้อมใช้งานออนไลน์และอนุญาตให้เพิ่มข้อมูลใหม่จากทั่วทุกมุมโลกให้ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับการแพร่กระจายและการเปลี่ยนแปลงของไวรัส

เน็กซ์สเตรน

Nextstrain เป็นโครงการโอเพนซอร์ซที่ใช้ข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะเพื่อ “ช่วยให้เกิดความเข้าใจทางระบาดวิทยาและปรับปรุงการตอบสนองต่อการระบาด” ในการวิวัฒนาการของไวรัสและแบคทีเรีย รวมถึงโคโรนาไวรัสสายพันธุ์ใหม่ โปรเจ็กต์เพิ่งใช้ข้อมูลที่แชร์บนแพลตฟอร์ม GISAID เพื่อเชื่อมต่อผู้ป่วย COVID-19 โดยอิงจากข้อมูลทางพันธุกรรม

GitHub

อีกแพลตฟอร์มหนึ่งที่โพสต์โปรเจ็กต์ที่เกี่ยวข้องกับ coronavirus ทุกวันคือ Github

ในขณะที่เขียนบทความนี้ นี่คือบางส่วนของโครงการที่กำลังเป็นผู้นำ:

1. COVID-19 – 2019 นวนิยาย Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) ที่เก็บข้อมูล

ที่เก็บข้อมูลนี้สร้างขึ้นเพื่อรองรับโครงการใหม่และนำโดยศูนย์วิทยาศาสตร์และวิศวกรรมระบบมหาวิทยาลัยจอห์น ฮอปกิ้นส์ (JHU CSSE)

โดยให้ข้อมูลอนุกรมเวลาสำหรับ COVID-19 และรวบรวมข้อมูลจากแหล่งข้อมูลที่เชื่อถือได้หลายแห่ง รวมถึงองค์กรด้านสุขภาพระหว่างประเทศและระดับชาติ เช่น:

องค์การอนามัยโลก (WHO), DXY.cn, ข่าว BNO, คณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติของสาธารณรัฐประชาชนจีน (NHC), CDC ของจีน (CCDC), กรมอนามัยฮ่องกง, รัฐบาลมาเก๊า, CDC ไต้หวัน, CDC ของสหรัฐอเมริกา, รัฐบาล รัฐบาลแคนาดา ออสเตรเลีย กระทรวงสาธารณสุข ศูนย์ป้องกันและควบคุมโรคแห่งยุโรป (ECDC) กระทรวงสาธารณสุขสิงคโปร์ (MOH) กระทรวงสาธารณสุขอิตาลี 1Point3Arces และ WorldoMeters

โปรเจ็กต์นี้มีชุดข้อมูลที่ใช้โดยโปรเจ็กต์ที่น่าทึ่งอื่น ๆ อีกมากมาย (รวมถึงโปรเจ็กต์ด้านล่าง) กระจายข้อมูลสำคัญที่เป็นประโยชน์ใน "สงคราม" กับ coronavirus

2. CHIME – แบบจำลองผลกระทบโรงพยาบาล COVID-19 สำหรับโรคระบาด

พัฒนาโดย Predictive Healthcare @ Penn Medicine แอปพลิเคชั่น CHIME จำลองการติดต่อระหว่างการระบาดของ COVID ใช้ข้อมูลเช่นจำนวนผู้ป่วยในโรงพยาบาลรายวัน การรับผู้ป่วยเข้า ICU ผู้ป่วยที่ต้องการการช่วยหายใจ เพื่อให้โรงพยาบาลและแผนกสุขภาพสามารถวางแผนและจัดระเบียบความสามารถและทรัพยากรของพวกเขาได้

3. เปิด COVID-19

โปรเจ็กต์นี้ได้รับแรงบันดาลใจจากชุดข้อมูลของ Johns Hopkins และมีข้อมูลในอดีตที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายของไวรัสทั่วโลก ใช้เพื่อสร้างแผนที่และแผนภูมิ โดยเน้นภูมิภาคที่ได้รับผลกระทบมากที่สุดในโลก

4. สถานการณ์โควิด-19

โครงการนี้ริเริ่มโดยกลุ่มวิจัยของ Richard Neher ที่ Biozentrum มหาวิทยาลัยบาเซิล (บาเซิล ประเทศสวิตเซอร์แลนด์) โครงการนี้ช่วยสร้างการคาดการณ์การระบาด เช่นเดียวกับโครงการของ Penn Medicine การคาดการณ์เกี่ยวกับโควิด-19 ใช้แบบจำลอง SIR (Sir (Susceptible, Infected, Recovered)) ซึ่งเป็นเทคนิคการสร้างแบบจำลอง เพื่อวัดความเครียดของการระบาดในระบบการแพทย์และเสนอวิธีแก้ปัญหา โปรเจ็กต์นี้ใช้พารามิเตอร์ทางประชากร ระบาดวิทยา และทางคลินิกเพื่อกำหนดแนวโน้มของวิวัฒนาการของผู้ป่วยโควิด-19

5. โคโรนา-คลิ

ความคิดริเริ่มที่สำคัญอีกประการหนึ่งใน GitHub ที่ให้ข้อมูล COVID-19 ในรูปแบบตาราง โดยตรงในบรรทัดคำสั่ง และอนุญาตให้มีการสืบค้นที่ละเอียด

6. เครื่องตรวจจับ COVID-19 โดยใช้ Computer Vision และ Deep Learning

ยังคงอยู่ในช่วงเริ่มต้น โครงการนี้มีขึ้นเพื่อช่วยวินิจฉัย COVID-19 ในการเอ็กซ์เรย์ทรวงอก โมเดล AI ยังคงได้รับการพัฒนาโดยได้รับความช่วยเหลือจากผู้เชี่ยวชาญกลุ่มใหญ่จากโอเพ่นซอร์ส AI และชุมชนทางการแพทย์

โปรเจ็กต์นี้รวมถึงแอพที่มีวัตถุประสงค์เพื่อ:

1. ตรวจจับสัญญาณเตือน
2. บรรเทาภาระของระบบการดูแลสุขภาพโดยเปลี่ยนเส้นทางผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงต่ำไปยังไซต์ที่มีข้อมูลที่เชื่อถือได้เกี่ยวกับการดูแลสุขภาพและเปลี่ยนเส้นทางผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงไปยังสถานพยาบาลที่ใกล้ที่สุด
3. ทำหน้าที่เป็นตัวสร้างข้อมูลแบบเรียลไทม์
4. เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับหน่วยงานด้านการดูแลสุขภาพและสร้างข้อมูลทางระบาดวิทยาที่เป็นประโยชน์

7. โครงการฮาร์ดแวร์ – CITI – OpenLung

ยังอยู่ในระหว่างการพัฒนาเป็นอีกโครงการหนึ่งที่เสนอ "การออกแบบเครื่องช่วยหายใจแบบกลไกแบบโอเพ่นซอร์ส ต้นทุนต่ำ ทรัพยากรต่ำ ปรับใช้อย่างรวดเร็ว ซึ่งใช้ Ambu-bag เป็นส่วนประกอบหลัก"

ทีมงานที่อยู่เบื้องหลังโครงการได้เผยแพร่วัสดุและขั้นตอนที่จำเป็นในการสร้างเครื่องช่วยหายใจแบบ DIY เป้าหมายของโครงการคือช่วยพัฒนาเครื่องช่วยหายใจที่เข้าถึงได้และปลอดภัยสำหรับแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ

แนวคิดนี้มีไว้สำหรับทุกคนที่สามารถดาวน์โหลดแผนงานจากโครงการ OpenLung และสร้างเครื่องช่วยหายใจได้ ก่อนที่คุณจะเริ่มสร้างโครงการนี้ โปรดทราบว่าโครงการนี้ยังอยู่ระหว่างดำเนินการและความปลอดภัยของฮาร์ดแวร์นี้ยังต้องได้รับการทดสอบ!

ผู้ร่วมให้ข้อมูลด้านเทคโนโลยีรายใหญ่

เทคโนโลยีขนาดใหญ่ก็มีบทบาทอย่างมากในการต่อสู้กับไวรัส Elon Musk และ Tesla บริจาคหน้ากาก N95 และหมวก PAPR จำนวน 50,000 ชิ้น ให้กับ UW Medicine ในวอชิงตัน

นอกจากนี้ เทสลายังได้ประกาศแผนการเข้าร่วมกับ GM เพื่อสร้างเครื่องช่วยหายใจและอุปกรณ์หน้ากากอีกด้วย

DeepMind AI ของ Google โดยเฉพาะระบบ AlphaFold ถูกนำไปใช้เพื่อศึกษาโครงสร้างโปรตีน COVID-19 และหวังว่าจะลดการแพร่กระจายของไวรัส

WhatsApp ประกาศเปิดตัว Coronavirus Information Hub โดยความร่วมมือกับ WHO, UNICEF และ UNDP เพื่อให้คำแนะนำแก่บุคลากรทางการแพทย์ นักการศึกษา ธุรกิจในท้องถิ่น องค์กรไม่แสวงหากำไร และรัฐบาลท้องถิ่นที่ใช้แอปเพื่อสื่อสาร

Achim Steiner จากโครงการพัฒนาแห่งสหประชาชาติ (UNDP) ประกาศว่า “การรับข้อมูลล่าสุดเกี่ยวกับ COVID-19 ไปยังชุมชนท้องถิ่นทั่วโลกถือเป็นส่วนสำคัญของความพยายามของประชาคมระหว่างประเทศในการยับยั้งการแพร่กระจายของไวรัส (…) การเป็นพันธมิตรกับบริษัทเอกชนอย่าง WhatsApp จะช่วยให้ได้รับข้อมูลที่สำคัญตามเวลาจริงจากองค์การอนามัยโลกและเจ้าหน้าที่สาธารณสุขในท้องถิ่นถึงผู้ใช้หลายพันล้านคนทั่วโลก”

เหตุใดโครงการเหล่านี้จึงมีความสำคัญ

รายการข้างต้นไม่ครบถ้วนสมบูรณ์ โครงการโอเพ่นซอร์สที่น่าตื่นตาตื่นใจมากขึ้นกำลังมีชีวิตขึ้นมาทุกวัน ผู้คนจากทั่วทุกมุมโลกร่วมมือกันทำสงครามกับ "ศัตรู" ที่เหมือนกัน ความโปร่งใสและความร่วมมือนี้เป็นสิ่งที่สวยงามและไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อนในประวัติศาสตร์ของมนุษย์!

สำหรับชุมชนทางการแพทย์ โครงการโอเพ่นซอร์สเหล่านี้หมายความว่านักวิทยาศาสตร์สามารถวิเคราะห์ตัวอย่างทางพันธุกรรมจากผู้ป่วยจากทั่วทุกมุมโลกได้อย่างรวดเร็ว การแบ่งปันข้อมูลอย่างแพร่หลายทำให้ชุมชนทางการแพทย์สามารถเคลื่อนที่ได้เร็วกว่าที่เคยเพื่อทำความเข้าใจไวรัส และมาพร้อมกับวิธีแก้ไขเพื่อควบคุมและรักษาโรคได้ในที่สุด

สำหรับประชากรทั่วไป โครงการเหล่านี้สามารถเป็นแหล่งของความสะดวกสบาย เนื่องจากต้องอาศัยข้อมูลจากแหล่งที่เชื่อถือได้ อย่ารีบตีความข่าวและข้ามไปสู่ข้อสรุป ให้นำแง่บวกของความคิดริเริ่มเหล่านี้ออกไปแทน ต้องขอบคุณ Data Heroes ที่ไม่ได้ร้องหลายคน นักวิจัยจึงเคลื่อนไหวได้เร็วกว่าที่เคย ส่วนที่เหลือของเราได้รับข้อมูลที่ดีขึ้น และความก้าวหน้าก็อยู่ใกล้แค่เอื้อม ความหวังยังคงอยู่!

ต้องการเป็นส่วนหนึ่งของโครงการที่มีความหมายเพื่อจัดการกับวิกฤต COVID-19 หรือไม่? ตรวจสอบโครงการใด ๆ ด้านบนหรือ Help With COVID 19 — สำนักหักบัญชีสำหรับโครงการและอาสาสมัครที่ต้องการช่วยเหลือวิกฤต COVID-19