SARS-CoV-2와의 전쟁에서 데이터 영웅: 오픈 소스 커뮤니티가 발병에 대응한 방법

새로운 코로나바이러스 발생은 기술 커뮤니티에서 전례 없는 대응을 촉발했습니다.

COVID-19와 관련된 오픈 소스 프로젝트가 전 세계에서 나타나고 있으며 이는 중요한 정보를 전 세계에 전파하는 데 도움이 될 뿐만 아니라 진행 중인 임상 연구에 기여하기 위한 것입니다.

GISAID

GISAID(독일 정부 주도의 이니셔티브)라고 하는 이러한 데이터 영웅 중 하나는 SARS-CoV-2 게놈 데이터를 호스팅하고 있습니다. 다시 말해, 새로운 솔루션이 제시되기를 희망하면서 새로운 바이러스의 게놈은 이제 누구나 다운로드하고 연구할 수 있는 오픈 소스입니다.

전 세계의 모든 연구원은 이 플랫폼에서 바이러스에 대한 게놈 데이터를 게시하거나 다운로드할 수 있습니다. 이 정보를 온라인으로 제공하고 전 세계에서 새로운 데이터를 추가할 수 있도록 하면 바이러스가 어떻게 확산되고 변이되는지에 대한 핵심 정보를 얻을 수 있습니다.

넥스트스트레인

Nextstrain은 공개된 데이터를 사용하여 신종 코로나바이러스를 포함한 바이러스 및 박테리아의 진화에서 "역학적 이해를 돕고 발병 대응을 개선"하는 오픈 소스 프로젝트입니다. 이 프로젝트는 최근 GISAID 플랫폼에서 공유된 데이터를 사용하여 유전자 데이터를 기반으로 COVID-19 사례를 연결합니다.

깃허브

코로나바이러스 관련 프로젝트가 매일 게시되는 또 다른 플랫폼은 Github입니다.

이 기사를 작성하는 시점에서 주도하고 있는 프로젝트 중 일부는 다음과 같습니다.

1. COVID-19 – 2019 신종 코로나바이러스 COVID-19(2019-nCoV) 데이터 리포지토리

이 데이터 저장소는 새로운 프로젝트를 지원하기 위해 만들어졌으며 JHU CSSE(Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering)에서 주도합니다.

COVID-19에 대한 시계열 데이터를 제공하며 데이터는 다음과 같은 국제 및 국가 보건 기구를 포함하여 여러 신뢰할 수 있는 출처에서 집계됩니다.

세계 보건 기구(WHO), DXY.cn, BNO News, 중화인민공화국 국가위생건강위원회(NHC), 중국 CDC(CCDC), 홍콩 보건부, 마카오 정부, 대만 CDC, 미국 CDC, 정부 캐나다, 호주 정부 보건부, 유럽 질병 예방 및 통제 센터(ECDC), 싱가포르 보건부(MOH), 이탈리아 보건부, 1Point3Arces 및 WorldoMeters.

이 프로젝트는 다른 많은 놀라운 프로젝트(아래 프로젝트 포함)에서 사용되는 데이터 세트를 제공하여 코로나바이러스와의 "전쟁"에 유용한 중요한 정보를 전파합니다.

2. 차임 – 전염병에 대한 COVID-19 병원 영향 모델

Predictive Healthcare @ Penn Medicine에서 개발한 CHIME 애플리케이션은 COVID 전염병 동안 전염을 시뮬레이션합니다. 일일 입원 환자 수, ICU 입원 수, 환기가 필요한 환자와 같은 데이터를 사용하여 병원 및 보건 부서에서 역량과 리소스를 계획하고 구성할 수 있습니다.

3. 코로나19 열기

이 프로젝트는 존스 홉킨스 데이터 세트에서 영감을 받았으며 전 세계적으로 바이러스 확산과 관련된 과거 데이터를 포함합니다. 지도와 차트를 생성하는 데 사용되며, 세계에서 가장 영향을 받는 지역을 강조 표시합니다.

4. 코로나19 시나리오

바젤 대학(스위스 바젤)의 바이오젠트룸(Biozentrum)의 리처드 네허(Richard Neher) 연구 그룹이 시작한 이 프로젝트는 발병 예측을 생성하는 데 도움이 됩니다. Penn Medicine의 프로젝트와 유사하게 COVID-19 예측은 모델링 기술인 SIR(Susceptible, Infected, Recovered) 모델을 사용하여 의료 시스템에 대한 발병의 변형을 측정하고 완화 솔루션을 제안합니다. 이 프로젝트는 인구, 역학 및 임상 매개변수를 사용하여 COVID-19 사례의 가능한 진화 과정을 결정합니다.

5. 코로나-클리

명령줄에서 직접 표 형식으로 COVID-19 데이터를 제공하고 정제된 쿼리를 허용하는 GitHub의 또 다른 주요 이니셔티브입니다.

6. 컴퓨터 비전과 딥 러닝을 활용한 코로나19 감지기

아직 시작 단계에 있는 이 프로젝트는 흉부 엑스레이에서 COVID-19를 진단하는 데 도움을 주기 위한 것입니다. AI 모델은 오픈 소스 AI 및 의료 커뮤니티의 전문가 그룹의 도움을 받아 여전히 개발 중입니다.

이 프로젝트에는 다음을 위한 앱이 포함되어 있습니다.

1. 경보 신호 감지
2. 저위험 환자는 신뢰할 수 있는 의료 정보가 있는 사이트로 리디렉션하고 고위험 환자는 가장 가까운 의료 시설로 리디렉션하여 의료 시스템의 부하를 완화합니다.
3. 실시간 정보 생성기 역할을 합니다.
4. 의료 당국과 긴밀한 관계를 유지하고 유용한 역학 정보를 생성합니다.

7. 하드웨어 프로젝트 – CITI – OpenLung

아직 개발 중인 또 다른 프로젝트는 "Ambu-bag을 핵심 구성 요소로 활용하는 오픈 소스, 저비용, 저자원, 빠른 배포 기계식 인공호흡기 설계"를 제안합니다.

프로젝트 뒤에 있는 팀은 DIY 인공호흡기를 만드는 데 필요한 재료와 단계를 게시했습니다. 이 프로젝트의 목표는 의료 전문가가 사용할 수 있는 접근 가능하고 안전한 인공호흡기를 개발하는 것입니다.

아이디어는 누구나 OpenLung 프로젝트에서 계획을 다운로드하고 인공호흡기를 만들 수 있다는 것입니다. 하지만 빌드를 시작하기 전에 이 프로젝트가 아직 진행 중이고 이 하드웨어의 안전성이 아직 테스트되어야 한다는 것을 알아두십시오!

큰 기술 기여자

빅 테크는 또한 바이러스와의 싸움에서 매우 적극적입니다. Elon Musk와 Tesla는 최근 워싱턴의 UW Medicine에 N95 마스크와 PAPR 헬멧 50,000개를 기부했습니다.

Tesla는 또한 최근 GM과 함께 인공호흡기 및 마스크 공급품을 제작할 계획을 발표했습니다.

Google의 DeepMind AI, 특히 AlphaFold 시스템은 COVID-19 단백질 구조를 연구하고 바이러스의 확산을 차단하기 위해 배포되었습니다.

WhatsApp은 WHO, UNICEF 및 UNDP와 협력하여 앱을 사용하여 의사 소통하는 의료 전문가, 교육자, 지역 기업, 비영리 단체 및 지방 정부에 지침을 제공하기 위해 코로나바이러스 정보 허브의 출시를 발표했습니다.

유엔개발계획(UNDP)의 아킴 슈타이너(Achim Steiner)는 “전 세계 지역사회에 COVID-19에 대한 최신 정보를 제공하는 것은 바이러스 확산을 막기 위한 국제사회의 노력에서 중요한 부분입니다. (…) WhatsApp과 같은 민간 부문 기업과의 파트너십은 세계 보건 기구 및 지역 보건 공무원으로부터 이 중요한 실시간 정보를 전 세계 수십억 명의 사용자에게 제공하는 데 도움이 될 것입니다.”

이 모든 프로젝트가 중요한 이유는 무엇입니까?

위의 목록은 완전하지 않습니다. 더 놀라운 오픈 소스 프로젝트가 매일 생겨나고 있습니다. 전 세계의 사람들이 하나의 공통된 "적"과의 전쟁을 벌이기 위해 팀을 구성하고 있습니다. 이러한 투명성과 협력은 목격할 수 있는 아름다운 일이며 인류 역사상 전례가 없는 일입니다!

의료계의 경우 이러한 오픈 소스 프로젝트는 과학자들이 전 세계 환자의 유전자 샘플을 신속하게 분석할 수 있음을 의미합니다. 광범위한 데이터 공유를 통해 의료 커뮤니티는 그 어느 때보다 빠르게 바이러스를 이해하고 바이러스를 억제하고 궁극적으로 치료할 수 있는 솔루션을 제공할 수 있습니다.

일반 대중에게 이러한 프로젝트는 신뢰할 수 있는 출처의 데이터에 의존하기 때문에 위안이 될 수 있습니다. 뉴스를 해석하고 성급하게 결론을 내리기 위해 서두르지 마십시오. 대신 이러한 이니셔티브의 긍정적인 측면을 제거하십시오. 알려지지 않은 많은 Data Heroes 덕분에 연구원들은 그 어느 때보다 빠르게 움직이고 나머지 우리는 더 나은 정보를 얻을 수 있으며 획기적인 발전이 코앞에 다가왔습니다. 희망이 살아있다!

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