Pahlawan Data dalam Perang Melawan SARS-CoV-2: Bagaimana Komunitas Open Source Menanggapi Wabah

Wabah virus corona baru memicu respons yang belum pernah terjadi sebelumnya dari komunitas teknologi.

Proyek open source yang terkait dengan COVID-19 telah bermunculan dari seluruh dunia, dimaksudkan untuk tidak hanya membantu menyebarkan informasi penting ke dunia, tetapi juga berkontribusi pada penelitian klinis yang sedang berlangsung.

GISAID

Salah satu pahlawan data ini, yang disebut GISAID (sebuah inisiatif yang dipimpin oleh Pemerintah Jerman), menampung data genomik SARS-CoV-2. Dengan kata lain, genom virus baru sekarang menjadi sumber terbuka bagi siapa saja untuk mengunduh dan meneliti dengan harapan solusi baru akan dibawa ke depan.

Setiap peneliti dari mana saja di dunia dapat memposting atau mengunduh data genomik tentang virus dari platform ini. Membuat informasi ini tersedia secara online dan memungkinkan data baru ditambahkan dari seluruh dunia memberikan informasi penting tentang bagaimana virus menyebar dan bermutasi.

regangan berikutnya

Nextstrain adalah proyek sumber terbuka yang menggunakan data yang tersedia untuk umum untuk "membantu pemahaman epidemiologis dan meningkatkan respons wabah", dalam evolusi virus dan bakteri, termasuk virus corona baru. Proyek baru-baru ini menggunakan data yang dibagikan di platform GISAID untuk menghubungkan kasus COVID-19 berdasarkan data genetik.

GitHub

Platform lain tempat proyek terkait virus corona diposting setiap hari adalah Github.

Pada saat menulis artikel ini, berikut adalah beberapa proyek yang memimpin:

1. Repositori Data COVID-19 – Novel Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) 2019

Repositori data ini dibuat untuk mendukung proyek baru dan dipimpin oleh Pusat Sains dan Teknik Sistem Universitas Johns Hopkins (JHU CSSE).

Ini menyediakan data deret waktu untuk COVID-19, dan data dikumpulkan dari berbagai sumber tepercaya, termasuk organisasi kesehatan internasional dan nasional seperti:

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), DXY.cn, BNO News, Komisi Kesehatan Nasional Republik Rakyat Tiongkok (NHC), CDC Tiongkok (CCDC), Departemen Kesehatan Hong Kong, Pemerintah Makau, CDC Taiwan, CDC AS, Pemerintah Kanada, Departemen Kesehatan Pemerintah Australia, Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC), Kementerian Kesehatan Singapura (MOH), Kementerian Kesehatan Italia, 1Point3Arces, dan WorldoMeters.

Proyek ini menyediakan kumpulan data yang digunakan oleh banyak proyek luar biasa lainnya (termasuk yang di bawah), menyebarkan informasi penting yang berguna dalam "perang" melawan virus corona.

2. CHIME – Model Dampak Rumah Sakit COVID-19 untuk Epidemi

Dikembangkan oleh Predictive Healthcare @ Penn Medicine, aplikasi CHIME mensimulasikan penularan selama pandemi COVID. Ini menggunakan data seperti jumlah pasien rawat inap harian, penerimaan ICU, pasien yang membutuhkan ventilasi, untuk memungkinkan rumah sakit dan departemen kesehatan merencanakan dan mengatur kemampuan dan sumber daya mereka.

3. Buka COVID-19

Proyek ini terinspirasi oleh kumpulan data Johns Hopkins dan berisi data historis terkait penyebaran virus di seluruh dunia. Ini digunakan untuk menghasilkan peta dan bagan, menyoroti wilayah yang paling terpengaruh di dunia.

4. Skenario COVID-19

Diprakarsai oleh kelompok riset Richard Neher di Biozentrum, Universitas Basel (Basel, Swiss), proyek ini membantu menghasilkan proyeksi wabah. Mirip dengan proyek Penn Medicine, proyeksi COVID-19 menggunakan model SIR (Susceptible, Infected, Recovered), sebuah teknik pemodelan, untuk mengukur regangan wabah pada sistem medis dan mengusulkan solusi mitigasi. Proyek ini menggunakan parameter populasi, epidemiologi, dan klinis untuk menentukan kemungkinan evolusi kasus COVID-19.

5. corona-cli

Inisiatif utama lainnya di GitHub yang menyediakan data COVID-19, dalam format tabel, langsung di baris perintah, dan memungkinkan kueri yang disempurnakan.

6. Detektor COVID-19 menggunakan Computer Vision dan Deep Learning

Masih dalam tahap awal, proyek ini dimaksudkan untuk membantu mendiagnosis COVID-19 di rontgen dada. Model AI masih dikembangkan dengan bantuan sekelompok besar spesialis dari AI open source dan komunitas medis.

Proyek ini mencakup aplikasi yang dimaksudkan untuk:

1. Mendeteksi tanda-tanda alarm
2. Meringankan beban sistem perawatan kesehatan dengan mengarahkan pasien berisiko rendah ke situs dengan informasi yang dapat dipercaya tentang perawatan kesehatan dan mengarahkan pasien berisiko tinggi ke fasilitas medis terdekat.
3. Berfungsi sebagai generator informasi real-time.
4. Jaga hubungan dekat dengan otoritas kesehatan dan hasilkan informasi epidemiologi yang berguna.

7. Proyek Perangkat Keras – CITI – OpenLung

Masih dalam pengembangan adalah proyek lain yang mengusulkan “desain ventilator mekanis open source, biaya rendah, sumber daya rendah, penyebaran cepat yang menggunakan Ambu-bag sebagai komponen inti”.

Tim di balik proyek ini menerbitkan materi dan langkah-langkah yang diperlukan untuk membuat ventilator DIY. Tujuan proyek ini adalah untuk membantu mengembangkan ventilator yang dapat diakses dan aman untuk digunakan oleh para profesional medis.

Idenya adalah agar siapa saja dapat mengunduh rencana dari proyek OpenLung dan membuat ventilator. Sebelum Anda mulai membangunnya, ketahuilah bahwa proyek ini masih dalam proses dan keamanan perangkat keras ini masih harus diuji!

Kontributor Teknologi Besar

Teknologi besar juga sangat aktif dalam memerangi virus. Elon Musk dan Tesla baru-baru ini menyumbangkan 50.000 masker N95 dan helm PAPR ke UW Medicine di Washington.

Tesla juga baru-baru ini mengumumkan rencananya untuk bergabung dengan GM untuk membangun ventilator dan pasokan masker.

DeepMind AI Google, khususnya sistem AlphaFold, telah dikerahkan untuk mempelajari struktur protein COVID-19 dan diharapkan dapat memutus penyebaran virus.

WhatsApp mengumumkan peluncuran Pusat Informasi Coronavirus, bekerja sama dengan WHO, UNICEF, dan UNDP, untuk memberikan panduan kepada profesional kesehatan, pendidik, bisnis lokal, organisasi nirlaba, dan pemerintah daerah yang menggunakan aplikasi untuk berkomunikasi.

Achim Steiner, dari United Nations Development Programme (UNDP), menyatakan bahwa “Mendapatkan informasi terkini tentang COVID-19 kepada komunitas lokal di seluruh dunia adalah bagian penting dari upaya komunitas internasional untuk membendung penyebaran virus. (...) Kemitraan dengan perusahaan sektor swasta seperti WhatsApp akan membantu menyampaikan informasi penting dan real-time ini dari Organisasi Kesehatan Dunia dan pejabat kesehatan setempat kepada miliaran pengguna di seluruh dunia.”

Mengapa Semua Proyek Ini Penting?

Daftar di atas tidak lengkap. Lebih banyak proyek open source yang menakjubkan menjadi hidup setiap hari. Orang-orang dari seluruh dunia bekerja sama untuk berperang melawan satu “musuh” bersama. Transparansi dan kolaborasi ini adalah hal yang indah untuk disaksikan dan benar-benar belum pernah terjadi sebelumnya dalam sejarah manusia!

Bagi komunitas medis, proyek open source ini berarti para ilmuwan dapat dengan cepat menganalisis sampel genetik dari pasien dari seluruh dunia. Berbagi data secara luas memungkinkan komunitas medis bergerak lebih cepat dari sebelumnya untuk memahami virus dan datang dengan solusi untuk menahannya dan akhirnya menyembuhkannya.

Bagi masyarakat umum, proyek-proyek ini bisa menjadi sumber kenyamanan, karena mengandalkan data dari sumber-sumber terpercaya. Jangan terburu-buru menafsirkan berita dan langsung mengambil kesimpulan. Alih-alih, singkirkan aspek positif dari inisiatif ini. Berkat banyak Pahlawan Data tanpa tanda jasa, para peneliti bergerak lebih cepat dari sebelumnya, kita semua mendapat informasi yang lebih baik, dan terobosan sudah dekat. Harapan tetap hidup!

Ingin menjadi bagian dari proyek yang berarti dalam menangani krisis COVID-19? Lihat salah satu proyek di atas atau Help With COVID 19 — clearing house untuk proyek dan sukarelawan yang ingin membantu dengan krisis COVID-19.