Héros des données dans la guerre contre le SRAS-CoV-2 : comment la communauté open source a réagi à l'épidémie

La nouvelle épidémie de coronavirus a déclenché une réponse sans précédent de la part de la communauté technologique.

Des projets open source liés à COVID-19 ont surgi du monde entier, destinés non seulement à aider à diffuser des informations vitales dans le monde, mais également à contribuer à la recherche clinique en cours.

GISAID

L'un de ces héros des données, appelé GISAID (une initiative dirigée par le gouvernement allemand), héberge les données génomiques du SRAS-CoV-2. En d'autres termes, le génome du nouveau virus est désormais une source ouverte que quiconque peut télécharger et rechercher dans l'espoir que de nouvelles solutions seraient proposées.

Tout chercheur de n'importe où dans le monde peut publier ou télécharger les données génomiques sur le virus à partir de cette plateforme. Rendre ces informations disponibles en ligne et permettre l'ajout de nouvelles données du monde entier fournit des informations clés sur la façon dont le virus se propage et mute.

Prochaine souche

Nextstrain est un projet open source qui utilise des données accessibles au public pour "aider à la compréhension épidémiologique et améliorer la réponse aux épidémies", dans l'évolution des virus et des bactéries, y compris le nouveau coronavirus. Le projet a récemment utilisé les données partagées sur la plateforme GISAID pour connecter les cas de COVID-19 sur la base des données génétiques.

GitHub

Github est une autre plate-forme où des projets liés au coronavirus sont publiés quotidiennement.

Au moment de la rédaction de cet article, voici quelques-uns des projets qui prennent la tête :

1. COVID-19 – Dépôt de données sur le nouveau coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) 2019

Ce référentiel de données a été créé pour soutenir de nouveaux projets et est dirigé par le Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering (JHU CSSE).

Il fournit des données de séries chronologiques pour COVID-19, et les données sont agrégées à partir de plusieurs sources fiables, y compris des organisations de santé internationales et nationales telles que :

Organisation mondiale de la santé (OMS), DXY.cn, BNO News, Commission nationale de la santé de la République populaire de Chine (NHC), China CDC (CCDC), Hong Kong Department of Health, Macau Government, Taiwan CDC, US CDC, Government of Canada, ministère australien de la Santé, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), ministère de la Santé de Singapour (MOH), ministère italien de la Santé, 1Point3Arces et WorldoMeters.

Ce projet fournit des ensembles de données qui sont utilisés par de nombreux autres projets étonnants (y compris ceux ci-dessous), diffusant des informations vitales utiles dans la « guerre » contre le coronavirus.

2. CHIME - Le modèle d'impact hospitalier COVID-19 pour les épidémies

Développée par Predictive Healthcare @ Penn Medicine, l'application CHIME simule la contagion pendant la pandémie de COVID. Il utilise des données telles que le nombre de patients hospitalisés quotidiennement, les admissions en soins intensifs, les patients nécessitant une ventilation, pour permettre aux hôpitaux et aux services de santé de planifier et d'organiser leurs capacités et leurs ressources.

3. Ouvrez COVID-19

Ce projet s'inspire de l'ensemble de données Johns Hopkins et contient des données historiques liées à la propagation du virus dans le monde. Il est utilisé pour générer des cartes et des graphiques, mettant en évidence les régions les plus touchées dans le monde.

4. Scénarios COVID-19

Initié par le groupe de recherche de Richard Neher au Biozentrum, Université de Bâle (Bâle, Suisse), ce projet permet de générer des projections d'épidémies. Semblables au projet de Penn Medicine, les projections COVID-19 utilisent le modèle SIR (Susceptible, Infected, Recovered), une technique de modélisation, pour mesurer la pression de l'épidémie sur le système médical et proposer des solutions d'atténuation. Ce projet utilise des paramètres démographiques, épidémiologiques et cliniques pour déterminer le cours probable de l'évolution des cas de COVID-19.

5. corona-cli

Une autre initiative majeure sur GitHub qui fournit des données COVID-19, sous forme de tableau, directement dans la ligne de commande, et permet des requêtes raffinées.

6. Détecteur COVID-19 utilisant la vision par ordinateur et l'apprentissage en profondeur

Toujours à ses débuts, ce projet est destiné à aider à diagnostiquer le COVID-19 dans les radiographies pulmonaires. Le modèle d'IA est toujours en cours de développement avec l'aide d'un grand groupe de spécialistes de la communauté médicale et de l'IA open source.

Le projet comprend une application destinée à :

1. Détecter les signes d'alarme
2. Soulager la charge du système de santé en redirigeant les patients à faible risque vers des sites disposant d'informations fiables sur les soins de santé et rediriger les patients à haut risque vers l'établissement médical le plus proche.
3. Servir de générateurs d'informations en temps réel.
4. Maintenir des liens étroits avec les autorités sanitaires et générer des informations épidémiologiques utiles.

7. Projet matériel – CITI – OpenLung

Toujours en développement, un autre projet propose une "conception de ventilateur mécanique open source, à faible coût, à faibles ressources et à déploiement rapide qui utilise un Ambu-bag comme composant central".

L'équipe derrière le projet a publié les matériaux et les étapes nécessaires pour construire des ventilateurs de bricolage. L'objectif du projet est d'aider à développer un ventilateur accessible et sûr à utiliser par les professionnels de la santé.

L'idée est que n'importe qui puisse télécharger les plans du projet OpenLung et construire un ventilateur. Avant de commencer à en construire un, sachez que ce projet est toujours en cours et que la sécurité de ce matériel doit encore être testée !

Contributeurs Big Tech

La big tech est également très active dans la lutte contre le virus. Elon Musk et Tesla ont récemment fait don de 50 000 masques N95 et casques PAPR à UW Medicine à Washington.

Tesla a également récemment annoncé son intention de rejoindre GM pour construire des ventilateurs et des fournitures de masques.

L'IA DeepMind de Google, en particulier le système AlphaFold, a été déployée pour étudier les structures des protéines COVID-19 et, espérons-le, réduire la propagation du virus.

WhatsApp a annoncé le lancement d'un centre d'information sur le coronavirus, en collaboration avec l'OMS, l'UNICEF et le PNUD, pour fournir des conseils aux professionnels de la santé, aux éducateurs, aux entreprises locales, aux organisations à but non lucratif et aux gouvernements locaux qui utilisent l'application pour communiquer.

Achim Steiner, du Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD), a déclaré que « la diffusion d'informations à jour sur le COVID-19 aux communautés locales du monde entier est un élément essentiel des efforts de la communauté internationale pour endiguer la propagation du virus. (…) Des partenariats avec des entreprises du secteur privé comme WhatsApp aideront à transmettre ces informations vitales en temps réel de l'Organisation mondiale de la santé et des responsables locaux de la santé à des milliards d'utilisateurs dans le monde.

Pourquoi tous ces projets sont-ils importants ?

La liste ci-dessus n'est pas exhaustive. De plus en plus de projets open source étonnants prennent vie chaque jour. Des gens du monde entier font équipe pour faire la guerre à un « ennemi » commun. Cette transparence et cette collaboration sont une belle chose à voir et sont vraiment sans précédent dans l'histoire de l'humanité !

Pour la communauté médicale, ces projets open source permettent aux scientifiques d'analyser rapidement des échantillons génétiques de patients du monde entier. Le partage généralisé des données permet à la communauté médicale d'aller plus vite que jamais pour comprendre le virus et proposer des solutions pour le contenir et éventuellement le guérir.

Pour la population en général, ces projets peuvent être une source de réconfort, car ils s'appuient sur des données provenant de sources fiables. Ne vous précipitez pas pour interpréter les nouvelles et sauter aux conclusions. Enlevez plutôt les aspects positifs de ces initiatives. Grâce à de nombreux Data Heroes méconnus, les chercheurs avancent plus vite que jamais, le reste d'entre nous est mieux informé et les percées sont imminentes. L'espoir perdure !

Vous voulez faire partie d'un projet significatif face à la crise du COVID-19 ? Découvrez l'un des projets ci-dessus ou Help With COVID 19 - un centre d'échange pour les projets et les bénévoles qui souhaitent aider à faire face à la crise du COVID-19.