Héroes de los datos en la guerra contra el SARS-CoV-2: cómo respondió la comunidad de código abierto al brote

El nuevo brote de coronavirus provocó una respuesta sin precedentes de la comunidad tecnológica.

Han surgido proyectos de código abierto relacionados con COVID-19 en todo el mundo, destinados no solo a ayudar a difundir información vital al mundo, sino también a contribuir a la investigación clínica en curso.

GISAID

Uno de estos héroes de datos, llamado GISAID (una iniciativa liderada por el gobierno alemán), alberga los datos genómicos del SARS-CoV-2. En otras palabras, el genoma del nuevo virus ahora es de código abierto para que cualquiera lo descargue e investigue con la esperanza de que se presenten nuevas soluciones.

Cualquier investigador de cualquier parte del mundo puede publicar o descargar los datos genómicos del virus desde esta plataforma. Hacer que esta información esté disponible en línea y permitir que se agreguen nuevos datos de todo el mundo proporciona información clave sobre cómo se propaga y muta el virus.

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Nextstrain es un proyecto de código abierto que utiliza datos disponibles públicamente para "ayudar a la comprensión epidemiológica y mejorar la respuesta a brotes", en la evolución de virus y bacterias, incluido el nuevo coronavirus. El proyecto utilizó recientemente los datos compartidos en la plataforma GISAID para conectar los casos de COVID-19 en función de los datos genéticos.

GitHub

Otra plataforma donde se publican diariamente proyectos relacionados con el coronavirus es Github.

Al momento de escribir este artículo, estos son algunos de los proyectos que están tomando la delantera:

1. COVID-19: repositorio de datos del nuevo coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) de 2019

Este repositorio de datos se creó para respaldar nuevos proyectos y está dirigido por el Centro de Ciencias e Ingeniería de Sistemas de la Universidad Johns Hopkins (JHU CSSE).

Proporciona datos de series temporales para COVID-19, y los datos se agregan de múltiples fuentes confiables, incluidas organizaciones de salud internacionales y nacionales como:

Organización Mundial de la Salud (OMS), DXY.cn, BNO News, Comisión Nacional de Salud de la República Popular China (NHC), China CDC (CCDC), Departamento de Salud de Hong Kong, Gobierno de Macao, Taiwán CDC, US CDC, Gobierno de Canadá, Departamento de Salud del Gobierno de Australia, Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC), Ministerio de Salud de Singapur (MOH), Ministerio de Salud de Italia, 1Point3Arces y WorldoMeters.

Este proyecto proporciona conjuntos de datos que son utilizados por muchos otros proyectos increíbles (incluidos los siguientes), difundiendo información vital útil en la "guerra" contra el coronavirus.

2. CHIME: el modelo de impacto hospitalario COVID-19 para epidemias

Desarrollada por Predictive Healthcare @ Penn Medicine, la aplicación CHIME simula el contagio durante la pandemia de COVID. Utiliza datos como el número de pacientes hospitalizados diarios, admisiones en la UCI, pacientes que requieren ventilación, para permitir que los hospitales y los departamentos de salud planifiquen y organicen sus capacidades y recursos.

3. Abierto COVID-19

Este proyecto está inspirado en el conjunto de datos de Johns Hopkins y contiene datos históricos relacionados con la propagación del virus en todo el mundo. Se utiliza para generar mapas y gráficos, destacando las regiones más afectadas del mundo.

4. Escenarios de COVID-19

Iniciado por el grupo de investigación de Richard Neher en Biozentrum, Universidad de Basilea (Basilea, Suiza), este proyecto ayuda a generar proyecciones de brotes. De manera similar al proyecto de Penn Medicine, las proyecciones de COVID-19 utilizan el modelo SIR (susceptible, infectado, recuperado), una técnica de modelado, para medir la tensión del brote en el sistema médico y proponer soluciones de mitigación. Este proyecto utiliza parámetros poblacionales, epidemiológicos y clínicos para determinar el curso probable de evolución de los casos de COVID-19.

5. corona-cli

Otra iniciativa importante en GitHub que proporciona datos de COVID-19, en formato tabular, directamente en la línea de comandos y permite consultas refinadas.

6. Detector de COVID-19 usando Visión por Computador y Aprendizaje Profundo

Todavía en sus inicios, este proyecto está destinado a ayudar a diagnosticar COVID-19 en radiografías de tórax. El modelo de IA aún se está desarrollando con la ayuda de un gran grupo de especialistas de la comunidad médica y de IA de código abierto.

El proyecto incluye una aplicación destinada a:

1. Detectar signos de alarma
2. Alivie la carga del sistema de salud al redirigir a los pacientes de bajo riesgo a sitios con información confiable sobre el cuidado de la salud y redirigir a los pacientes de alto riesgo al centro médico más cercano.
3. Servir como generadores de información en tiempo real.
4. Mantener estrechos vínculos con las autoridades sanitarias y generar información epidemiológica útil.

7. Proyecto de hardware – CITI – OpenLung

Todavía en desarrollo hay otro proyecto que propone un "diseño de ventilador mecánico de despliegue rápido, bajo costo, bajo recurso y de código abierto que utiliza una bolsa Ambu como componente central".

El equipo detrás del proyecto publicó los materiales y los pasos necesarios para construir ventiladores de bricolaje. El objetivo del proyecto es ayudar a desarrollar un ventilador accesible y seguro para ser utilizado por profesionales médicos.

La idea es que cualquiera pueda descargar los planos del proyecto OpenLung y construir un ventilador. Sin embargo, antes de comenzar a construir uno, sepa que este proyecto aún está en progreso y que la seguridad de este hardware aún debe probarse.

Grandes contribuyentes tecnológicos

La gran tecnología también es muy activa en la lucha contra el virus. Elon Musk y Tesla donaron recientemente 50 000 máscaras N95 y cascos PAPR a UW Medicine en Washington.

Tesla también anunció recientemente sus planes de unirse a GM para construir ventiladores y suministros para mascarillas.

La IA DeepMind de Google, en particular el sistema AlphaFold, se ha implementado para estudiar las estructuras de la proteína COVID-19 y, con suerte, reducir la propagación del virus.

WhatsApp anunció el lanzamiento de un centro de información sobre coronavirus, en colaboración con la OMS, UNICEF y el PNUD, para brindar orientación a profesionales de la salud, educadores, empresas locales, organizaciones sin fines de lucro y gobiernos locales que usan la aplicación para comunicarse.

Achim Steiner, del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), declaró que “Obtener información actualizada sobre COVID-19 para las comunidades locales de todo el mundo es una pieza fundamental de los esfuerzos de la comunidad internacional para detener la propagación del virus. (…) Las asociaciones con empresas del sector privado como WhatsApp ayudarán a llevar esta información vital en tiempo real de la Organización Mundial de la Salud y los funcionarios de salud locales a miles de millones de usuarios en todo el mundo”.

¿Por qué son importantes todos estos proyectos?

La lista anterior no es exhaustiva. Cada día cobran vida más proyectos sorprendentes de código abierto. Personas de todo el mundo se están uniendo para librar la guerra contra un "enemigo" común. ¡Esta transparencia y colaboración es algo hermoso de presenciar y realmente no tiene precedentes en la historia de la humanidad!

Para la comunidad médica, estos proyectos de código abierto significan que los científicos pueden analizar rápidamente muestras genéticas de pacientes de todo el mundo. El intercambio generalizado de datos permite a la comunidad médica moverse más rápido que nunca para comprender el virus y encontrar soluciones para contenerlo y, finalmente, curarlo.

Para la población en general, estos proyectos pueden ser una fuente de consuelo, ya que se basan en datos de fuentes acreditadas. No se apresure a interpretar las noticias y sacar conclusiones precipitadas. En cambio, quita los aspectos positivos de estas iniciativas. Gracias a muchos Data Heroes anónimos, los investigadores avanzan más rápido que nunca, el resto de nosotros estamos mejor informados y los avances están a la vuelta de la esquina. ¡La esperanza sigue viva!

¿Quiere ser parte de un proyecto significativo que aborde la crisis de COVID-19? Consulte cualquiera de los proyectos anteriores o Help With COVID 19, un centro de intercambio de información para proyectos y voluntarios que desean ayudar con la crisis de COVID-19.