SARS-CoV-2との戦いにおけるデータヒーロー：オープンソースコミュニティが発生にどのように対応したか

新しいコロナウイルスの発生は、技術コミュニティからの前例のない反応を引き起こしました。

COVID-19に関連するオープンソースプロジェクトが世界中から出現しており、重要な情報を世界に広めるだけでなく、進行中の臨床研究にも貢献することを目的としています。

GISAID

GISAID（ドイツ政府が主導するイニシアチブ）と呼ばれるこれらのデータヒーローの1つは、SARS-CoV-2ゲノムデータをホストしています。 言い換えれば、新しいウイルスのゲノムは、新しい解決策がもたらされることを期待して、誰でもダウンロードして研究できるオープンソースになっています。

世界中のどこからでも、このプラットフォームからウイルスに関するゲノムデータを投稿またはダウンロードできます。 この情報をオンラインで利用できるようにし、世界中から新しいデータを追加できるようにすることで、ウイルスがどのように拡散および変異するかについての重要な情報が得られます。

Nextstrain

Nextstrainは、公開されているデータを使用して、新しいコロナウイルスを含むウイルスや細菌の進化において、「疫学的理解を支援し、発生反応を改善する」オープンソースプロジェクトです。 プロジェクトは最近、GISAIDプラットフォームで共有されたデータを使用して、遺伝子データに基づいてCOVID-19の症例を結び付けました。

GitHub

コロナウイルス関連のプロジェクトが毎日投稿されるもう1つのプラットフォームは、Githubです。

この記事を書いている時点で、主導権を握っているプロジェクトのいくつかを次に示します。

1. COVID-19 – 2019新しいコロナウイルスCOVID-19（2019-nCoV）データリポジトリ

このデータリポジトリは、新しいプロジェクトをサポートするために作成され、ジョンズホプキンス大学システム科学工学センター（JHU CSSE）が主導しています。

COVID-19の時系列データを提供し、データは次のような国際的および国内の医療機関を含む複数の信頼できる情報源から集約されます。

世界保健機関（WHO）、DXY.cn、BNOニュース、中華人民共和国国家保健委員会（NHC）、中国CDC（CCDC）、香港保健省、マカオ政府、台湾CDC、米国CDC、政府カナダ、オーストラリア政府保健省、欧州疾病予防管理センター（ECDC）、シンガポール保健省（MOH）、イタリア保健省、1Point3Arces、およびWorldoMeters。

このプロジェクトは、コロナウイルスとの「戦争」に役立つ重要な情報を広める、他の多くのすばらしいプロジェクト（以下のプロジェクトを含む）で使用されるデータセットを提供します。

2. CHIME –エピデミックのためのCOVID-19病院影響モデル

Predictive Healthcare @ Penn Medicineによって開発されたCHIMEアプリケーションは、COVIDパンデミック時の伝染をシミュレートします。 毎日の入院患者数、ICU入院、換気が必要な患者などのデータを使用して、病院や保健部門が能力とリソースを計画および整理できるようにします。

3.COVID-19を開きます

このプロジェクトは、ジョンズホプキンスのデータセットに触発されており、世界中でのウイルスの拡散に関連する履歴データが含まれています。 これは、世界で最も影響を受けた地域を強調する地図やチャートを生成するために使用されます。

4.COVID-19シナリオ

バーゼル大学（スイス、バーゼル）のBiozentrumのRichard Neherの研究グループによって開始されたこのプロジェクトは、発生予測の生成に役立ちます。 Penn Medicineのプロジェクトと同様に、COVID-19の予測では、モデリング手法であるSIR（Susceptible、Infected、Recovered）モデルを使用して、医療システムでの発生のひずみを測定し、緩和ソリューションを提案します。 このプロジェクトでは、人口、疫学、および臨床パラメーターを使用して、COVID-19症例の進化の可能性のある経過を決定します。

5.コロナクリ

GitHubのもう1つの主要なイニシアチブは、COVID-19データを表形式でコマンドラインに直接提供し、洗練されたクエリを可能にします。

6.コンピュータビジョンとディープラーニングを使用したCOVID-19検出器

このプロジェクトはまだ始まったばかりで、胸部X線でCOVID-19を診断するのに役立つことを目的としています。 AIモデルは、オープンソースのAIおよび医療コミュニティからの専門家の大規模なグループの助けを借りてまだ開発されています。

プロジェクトには、次の目的のアプリが含まれています。

1. アラームサインを検出する
2. 低リスクの患者を医療に関する信頼できる情報のあるサイトにリダイレクトし、高リスクの患者を最寄りの医療施設にリダイレクトすることで、医療システムの負荷を軽減します。
3. リアルタイム情報の生成者として機能します。
4. 医療当局と緊密な関係を保ち、有用な疫学情報を生成します。

7.ハードウェアプロジェクト– CITI – OpenLung

「アンブバッグをコアコンポーネントとして利用する、オープンソース、低コスト、低リソース、迅速な展開の人工呼吸器設計」を提案する別のプロジェクトがまだ開発中です。

プロジェクトの背後にあるチームは、DIY人工呼吸器を構築するために必要な材料と手順を公開しました。 このプロジェクトの目標は、医療専門家が使用するアクセス可能で安全な人工呼吸器の開発を支援することです。

アイデアは、誰でもOpenLungプロジェクトから計画をダウンロードして、人工呼吸器を構築できるようにすることです。 ただし、ビルドを開始する前に、このプロジェクトはまだ進行中であり、このハードウェアの安全性はまだテストされていないことを知っておいてください。

ビッグテックの貢献者

ビッグテックもウイルスとの戦いに非常に積極的です。 イーロンマスクとテスラは最近、ワシントンのUWメディシンに50,000枚のN95マスクとPAPRヘルメットを寄贈しました。

テスラは最近、GMに参加して人工呼吸器とマスク用品を製造する計画も発表しました。

GoogleのDeepMindAI、特にAlphaFoldシステムは、COVID-19タンパク質の構造を研究し、ウイルスの拡散を阻止するために導入されました。

WhatsAppは、WHO、UNICEF、UNDPと協力して、アプリを使用して通信する医療専門家、教育者、地元企業、非営利団体、地方自治体にガイダンスを提供するコロナウイルス情報ハブの立ち上げを発表しました。

国連開発計画（UNDP）のアヒム・シュタイナーは、次のように述べています。「COVID-19に関する最新情報を世界中の地域社会に届けることは、ウイルスの蔓延を食い止めるための国際社会の取り組みの重要な部分です。 （…）WhatsAppのような民間企業とのパートナーシップは、この重要なリアルタイムの情報を世界保健機関や地域の保健当局から世界中の何十億ものユーザーに提供するのに役立ちます。」

これらすべてのプロジェクトが重要なのはなぜですか？

上記のリストは網羅的なものではありません。 より驚くべきオープンソースプロジェクトが毎日実現しています。 世界中の人々がチームを組み、1つの共通の「敵」との戦いを繰り広げています。 この透明性とコラボレーションは目撃するのに美しいものであり、人類の歴史の中で本当に前例のないものです！

医学界にとって、これらのオープンソースプロジェクトは、科学者が世界中の患者からの遺伝子サンプルを迅速に分析できることを意味します。 データの広範な共有により、医学界はこれまでになく迅速にウイルスを理解し、ウイルスを封じ込めて最終的には治療するためのソリューションを提供することができます。

一般の人々にとって、これらのプロジェクトは信頼できる情報源からのデータに依存しているため、快適さの源となる可能性があります。 ニュースを急いで解釈して結論に飛びつくな。 代わりに、これらのイニシアチブの肯定的な側面を取り除いてください。 多くの未発表のデータヒーローのおかげで、研究者はかつてないほど速く動いており、私たちの残りの人々はより多くの情報を得ており、ブレークスルーはもうすぐです。 希望は生き続けます！

COVID-19危機に対処する有意義なプロジェクトの一部になりたいですか？ 上記のプロジェクトのいずれかをチェックするか、COVID 19のヘルプ—COVID-19の危機を支援したいプロジェクトやボランティアのための情報センターです。