أبطال البيانات في الحرب ضد SARS-CoV-2: كيف استجاب مجتمع المصادر المفتوحة لتفشي المرض

أثار تفشي فيروس كورونا الجديد استجابة غير مسبوقة من مجتمع التكنولوجيا.

ظهرت مشاريع مفتوحة المصدر تتعلق بـ COVID-19 من جميع أنحاء العالم ، ولا تهدف فقط إلى المساعدة في نشر المعلومات الحيوية في العالم ، ولكن أيضًا المساهمة في الأبحاث السريرية المستمرة.

GISAID

أحد أبطال البيانات هؤلاء ، المسمى GISAID (مبادرة بقيادة الحكومة الألمانية) ، يستضيف البيانات الجينومية SARS-CoV-2. بعبارة أخرى ، أصبح جينوم الفيروس الجديد مفتوح المصدر الآن لأي شخص لتنزيله والبحث فيه على أمل طرح حلول جديدة.

يمكن لأي باحث من أي مكان في العالم نشر أو تنزيل البيانات الجينية حول الفيروس من هذه المنصة. إن إتاحة هذه المعلومات عبر الإنترنت والسماح بإضافة بيانات جديدة من جميع أنحاء العالم يوفر معلومات أساسية حول كيفية انتشار الفيروس وتطوره.

نيكستسترين

Nextstrain هو مشروع مفتوح المصدر يستخدم البيانات المتاحة للجمهور "للمساعدة في فهم الأوبئة وتحسين الاستجابة لتفشي المرض" ، في تطور الفيروسات والبكتيريا ، بما في ذلك فيروس كورونا الجديد. استخدم المشروع مؤخرًا البيانات التي تمت مشاركتها على منصة GISAID لربط حالات COVID-19 بناءً على البيانات الجينية.

جيثب

منصة أخرى حيث يتم نشر المشاريع المتعلقة بفيروس كورونا يوميًا هي Github.

في وقت كتابة هذا المقال ، إليك بعض المشاريع التي أخذت زمام المبادرة:

1. مستودع بيانات فيروس كورونا المستجد COVID-19 (2019-nCoV) 2019 - COVID-19

تم إنشاء مستودع البيانات هذا لدعم المشاريع الجديدة ويديره مركز جامعة جونز هوبكنز لعلوم وهندسة النظم (JHU CSSE).

يوفر بيانات سلاسل زمنية لـ COVID-19 ، ويتم تجميع البيانات من مصادر متعددة موثوقة ، بما في ذلك المنظمات الصحية الدولية والوطنية مثل:

منظمة الصحة العالمية (WHO) ، DXY.cn ، أخبار BNO ، لجنة الصحة الوطنية لجمهورية الصين الشعبية (NHC) ، مركز السيطرة على الأمراض الصيني (CCDC) ، وزارة الصحة في هونغ كونغ ، حكومة ماكاو ، مركز السيطرة على الأمراض في تايوان ، مركز السيطرة على الأمراض بالولايات المتحدة ، حكومة كندا ، وزارة الصحة الحكومية الأسترالية ، المركز الأوروبي للوقاية من الأمراض ومكافحتها (ECDC) ، وزارة الصحة في سنغافورة (MOH) ، وزارة الصحة الإيطالية ، 1Point3Arces ، و WorldoMeters.

يوفر هذا المشروع مجموعات البيانات التي تستخدمها العديد من المشاريع الرائعة الأخرى (بما في ذلك تلك أدناه) ، وتنشر المعلومات الحيوية المفيدة في "الحرب" ضد فيروس كورونا.

2. CHIME - نموذج تأثير مستشفى COVID-19 للأوبئة

تم تطوير تطبيق CHIME بواسطة Predictive Healthcare @ Penn Medicine ، وهو يحاكي العدوى أثناء جائحة COVID. يستخدم بيانات مثل عدد المرضى الموجودين في المستشفى يوميًا ، وقبول وحدة العناية المركزة ، والمرضى الذين يحتاجون إلى تهوية ، للسماح للمستشفيات والأقسام الصحية بتخطيط وتنظيم قدراتهم ومواردهم.

3. افتح COVID-19

هذا المشروع مستوحى من مجموعة بيانات Johns Hopkins ويحتوي على بيانات تاريخية تتعلق بانتشار الفيروس في جميع أنحاء العالم. يتم استخدامه لإنشاء الخرائط والرسوم البيانية ، وتسليط الضوء على المناطق الأكثر تضررا في العالم.

4. سيناريوهات COVID-19

بدأ هذا المشروع من قبل مجموعة بحثية من Richard Neher في Biozentrum ، جامعة بازل (بازل ، سويسرا) ، ويساعد هذا المشروع في إنشاء توقعات لتفشي المرض. على غرار مشروع Penn Medicine ، تستخدم توقعات COVID-19 نموذج SIR (سريع التأثر ، مصاب ، متعافي) ، أسلوب نمذجة ، لقياس إجهاد تفشي المرض على النظام الطبي واقتراح حلول التخفيف. يستخدم هذا المشروع المعلمات السكانية والوبائية والسريرية لتحديد المسار المحتمل للتطور لحالات COVID-19.

5. كورونا CLI

مبادرة رئيسية أخرى على GitHub توفر بيانات COVID-19 ، بتنسيق جدولي ، مباشرة في سطر الأوامر ، وتسمح بالاستعلامات المكررة.

6. كاشف COVID-19 باستخدام الرؤية الحاسوبية والتعلم العميق

لا يزال هذا المشروع في بدايته ، ويهدف إلى المساعدة في تشخيص COVID-19 في الأشعة السينية على الصدر. لا يزال نموذج الذكاء الاصطناعي قيد التطوير بمساعدة مجموعة كبيرة من المتخصصين من منظمة العفو الدولية مفتوحة المصدر والمجتمع الطبي.

يتضمن المشروع تطبيقًا يهدف إلى:

1. كشف علامات الإنذار
2. تخفيف عبء نظام الرعاية الصحية عن طريق إعادة توجيه المرضى ذوي المخاطر المنخفضة إلى مواقع تحتوي على معلومات موثوقة حول الرعاية الصحية وإعادة توجيه المرضى المعرضين لمخاطر عالية إلى أقرب منشأة طبية.
3. تخدم كمولدات للمعلومات في الوقت الحقيقي.
4. حافظ على روابط وثيقة مع سلطات الرعاية الصحية وتوليد معلومات وبائية مفيدة.

7. مشروع الأجهزة - CITI - OpenLung

لا يزال قيد التطوير مشروعًا آخر يقترح "تصميم فتحات تهوية ميكانيكية مفتوحة المصدر ومنخفضة التكلفة ومنخفضة الموارد وسريعة النشر تستخدم كيس أمبو كمكون أساسي".

نشر الفريق المسؤول عن المشروع المواد والخطوات اللازمة لبناء مراوح DIY. هدف المشروع هو المساعدة في تطوير جهاز تنفس آمن يمكن الوصول إليه لاستخدامه من قبل المتخصصين الطبيين.

الفكرة هي أن يتمكن أي شخص من تنزيل الخطط من مشروع OpenLung وبناء جهاز التنفس الصناعي. قبل أن تبدأ في بناء واحد على الرغم من ذلك ، اعلم أن هذا المشروع لا يزال قيد التنفيذ وأن أمان هذا الجهاز لا يزال قيد الاختبار!

مساهمو التكنولوجيا الكبيرة

التكنولوجيا الكبيرة أيضًا نشطة للغاية في مكافحة الفيروس. تبرع Elon Musk و Tesla مؤخرًا بـ 50000 قناع N95 وخوذ PAPR إلى UW Medicine في واشنطن.

كما أعلنت تسلا مؤخرًا عن خططها للانضمام إلى جنرال موتورز لبناء أجهزة تهوية ومستلزمات الأقنعة.

تم نشر DeepMind AI من Google ، وخاصة نظام AlphaFold ، لدراسة هياكل بروتين COVID-19 ونأمل أن يحد من انتشار الفيروس.

أعلن WhatsApp عن إطلاق مركز معلومات Coronavirus Information Hub ، بالتعاون مع منظمة الصحة العالمية واليونيسيف وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي ، لتقديم إرشادات لمتخصصي الرعاية الصحية والمعلمين والشركات المحلية والمنظمات غير الربحية والحكومات المحلية التي تستخدم التطبيق للتواصل.

أعلن أخيم شتاينر ، من برنامج الأمم المتحدة الإنمائي ، أن "الحصول على معلومات محدثة حول COVID-19 للمجتمعات المحلية في جميع أنحاء العالم هو جزء مهم من جهود المجتمع الدولي لوقف انتشار الفيروس. (...) ستساعد الشراكات مع شركات القطاع الخاص مثل WhatsApp في الحصول على هذه المعلومات الحيوية في الوقت الفعلي من منظمة الصحة العالمية ومسؤولي الصحة المحليين إلى مليارات المستخدمين حول العالم ".

لماذا كل هذه المشاريع مهمة؟

القائمة أعلاه ليست شاملة. المزيد من المشاريع المدهشة مفتوحة المصدر تأتي إلى الحياة كل يوم. يتحد الناس من جميع أنحاء العالم لشن حرب ضد "عدو" واحد مشترك. هذه الشفافية والتعاون شيء جميل أن نشهده وهو حقًا غير مسبوق في تاريخ البشرية!

بالنسبة للمجتمع الطبي ، تعني هذه المشاريع مفتوحة المصدر أن العلماء يمكنهم بسرعة تحليل العينات الجينية من المرضى من جميع أنحاء العالم. تتيح المشاركة الواسعة للبيانات للمجتمع الطبي التحرك بشكل أسرع من أي وقت مضى لفهم الفيروس والتوصل إلى حلول لاحتوائه وعلاجه في نهاية المطاف.

بالنسبة لعامة السكان ، يمكن أن تكون هذه المشاريع مصدرًا للراحة ، لأنها تعتمد على بيانات من مصادر موثوقة. لا تتسرع في تفسير الأخبار وتقفز إلى الاستنتاجات. بدلاً من ذلك ، استبعد الجوانب الإيجابية لهذه المبادرات. بفضل العديد من أبطال البيانات المجهولين ، يتحرك الباحثون بشكل أسرع من أي وقت مضى ، والبقية منا على دراية أفضل ، والاختراقات على الأبواب. الأمل يعيش!

هل تريد أن تكون جزءًا من مشروع هادف يعالج أزمة COVID-19؟ تحقق من أي من المشاريع المذكورة أعلاه أو ساعد في COVID 19 - غرفة مقاصة للمشاريع والمتطوعين الذين يرغبون في المساعدة في أزمة COVID-19.